熔融結晶器的結構相對精餾塔來說，略復雜。需要發汗、洗滌等步驟。過程較復雜，過程的連續化較困難。 熔融結晶處理的是液態物質，液態相對于氣態而言，所需要的體積小，所用設備體積小，投資少。當然，如果熔融結晶需要長的停留時間時，則這點優勢就不明顯了。 熔融結晶過程沒有氣體產生，泄露易于控制。而且整個設備可密閉，有利于環境安全。 熔融結晶不需要添加任何物質，所以沒有廢液和其它化學物質（溶劑）產生。要知道，溶劑回收的成本往往占整個結晶成本的大部分。 對于非固體溶液型體系，從理論上來說，結晶過程具有高的選擇性和高的產品純度。